Edificata intorno al XI - XII secolo sulle rovine di due chiese paleocristiane, rappresenta una testimonianza dell'Ancona medioevale. Fu chiamata originariamente Santa Maria del Canneto in quanto situata in zona paludosa. Successivamente prese il nome di Santa Maria del Mercato poiché nel piazzale ad essa antistante, si svolgeva il Mercato settimanale della città. Il passaggio dalla magistratura consolare a quella podestarile vide la piazzetta protagonista dell'investitura del Podestà, atto che veniva svolto dal popolo. La Chiesa è un gioiello di architettura romanica: ha una pianta rettangolare. Uno schema a croce latina ed è divisa in tre navate. La zona dell'altare, preceduta da una scalinata, è sopraelevata.

Il campanile aveva in origine una funzione strategica, essendo una torre addossata alla fortificazione che si collegava al colle retrostante. Il portale, ricco di ornamenti, colpisce per il movimento ed il fine intreccio delle arcatelle e dei polastrini. Il restauro del 1980 ad opera della Soprintendenza archeologica ha portato alla luce i resti delle due basiliche preesistenti oltre che i resti delle mura greche risalenti al IV secolo a.c.

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