Nell'ambito delle sue attività istituzionali, la Biblioteca dei Ragazzi ha instaurato un rapporto di collaborazione con l'Ospedale per Bambini Salesi di Ancona, struttura profondamente radicata nel territorio della città che viene a trovarsi in rapporto con bambini e ragazzi.
A partire dal 21 marzo 2001 la Biblioteca dei Ragazzi del Comune ha una sua sezione, presso questo Ospedale, gestita in collaborazione con l'Associazione Patronesse.
La Biblioteca dei Ragazzi con fondi del suo bilancio ha acquistato e continua ad incrementare una dotazione libraria e multimediale, utilizzabile dai piccoli ricoverati del Salesi e dai loro genitori.
I libri scelti per questa sezione, come quelli della sede centrale sono stati scelti tra le proposte più interessanti dell'editoria per ragazzi, e offrono ai bambini la possibilità di conoscere personaggi tra i più amati, come ad esempio la Pimpa di Altan e Pingu, di cui vengono proposti libri e videocassette.
Alcuni libri hanno in allegato anche audiocassette, per dar modo ai bambini di poter ascoltare individualmente alcune storie.
Inoltre sono stati acquistati testi di narrativa per adulti, per rispondere alle richieste di chi segue i piccoli ricoverati (genitori, parenti, accompagnatori).
La Biblioteca presso il Salesi ha una particolare caratteristica: è itinerante all'interno dei reparti, attraverso un carrello che ha preso il nome di Arca di Noé, la cui realizzazione è stata curata dalle Patronesse.
I piccoli ricoverati hanno la possibilità di scegliere e prendere in prestito il materiale di loro interesse. Quanti usufruiscono del day hospital, possono restituire il libro ottenuto in prestito in occasione del prossimo ricovero .
Per i bambini residenti ad Ancona sarà possibile anche restituire il materiale preso in prestito presso la sede centrale della Biblioteca Ragazzi una volta dimessi.